Doğrudan metanol kullanan yakıt pilleri yapı olarak polimer elektrolitli hidrojen yakıt pili sisteminin aynısıdır. Sistemin reformlayıcıya gereksinim göstermeden metanolu direkt olarak parçalayarak kullanması en önemli özelliğidir. PEM tipi yakıt pilleri için enerji yoğunluğu 350mW/cm2 olmasına rağmen bu değer doğrudan metanol kullanan yakıt pilleri için 60mW/cm2 değerlerindedir. Yani PEM tipi yakıt pilli araçlar aynı gücü elde edebilmek için daha büyük yakıt pili hücre yığınına ihtiyaç duyulmaktadır. Su, metanol ve hava ile beslenen yakıt hücresinde elde edilen enerji diğer yakıt pilli araçlardakiyle tamamen aynı şekilde kullanılmaktadır. Şekil’de direkt metanol yakıt pilli araçların bileşenleri ve enerji akış şeması görülmektedir. Doğrudan metanol yakıt pillerinin düşük enerji yoğunluğu sebebiyle metanol ile çalışabilen mikro gaz türbinleri gibi ek enerji sistemleri de bu araçlarda kullanılabilir. Hatta paralel hibrid sistemlerin prensibine uygun olarak metanol ile çalışan bir içten yanmalı motorda aracın tahriğinde kullanılabilir.
